Alfonso Valencia

2017

• Cancer and central nervous system disorders: protocol for an umbrella review of systematic reviews and updated meta-analyses of observational studies

  Systematic Reviews

  F. Catalá-López, B. Hutton, J. A. Driver, M. J. Page, M. Ridao, J. M. Valderas, A. Alonso-Arroyo, J. Forés-Martos, S. Martínez, R. Gènova-Maleras, D. Macías-Saint-Gerons, B. Crespo-Facorro, E. Vieta, A. Valencia, and R. Tabarés-Seisdedos
• ChiPPI: a novel method for mapping chimeric protein–protein interactions uncovers selection principles of protein fusion events in cancer

  Nucleic Acids Research

  M. Frenkel-Morgenstern, A. Gorohovski, S. Tagore, V. Sekar, M. Vázquez, and A. Valencia
• LimTox: a web tool for applied text mining of adverse event and toxicity associations of compounds, drugs and genes

  Nucleic Acids Research

  A. Cañada, S. Capella-Gutierrez, O. Rabal, J. Oyarzabal, A. Valencia, and M. Krallinger
• Most Alternative Isoforms Are Not Functionally Important

  Trends in Biochemical Sciences

  M. L. Tress, F. Abascal, and A. Valencia

2016

• The BLUEPRINT Data Analysis Portal

  Cell Systems

  J. MaríaFernández, V. de la Torre, D. Richardson, R. Royo, M. Puiggròs, V. Moncunill, S. Fragkogianni, L. Clarke, P. Flicek, D. Rico, D. Torrents, E. Carrillo d Pau, and A. Valencia

2015

• Non-coding recurrent mutations in chronic lymphocytic leukaemia

  Nature

  X. S. Puente, S. Beà, R. Valdés-Mas, N. Villamor, J. Gutiérrez-Abril, J. I. Martín-Subero, M. Munar, C. Rubio-Pérez, P. Jares, M. Aymerich, T. Baumann, R. Beekman, L. Belver, A. Carrió, G. Castellano, G. Clot, E. Colado, D. Colomer, D. Costa, J. Delgado, A. Enjuanes, X. Estivill, A. A. Ferrando, J L. Gelpí, B. González, S. González, M. González, M. Gut, J. M. Hernández-Rivas, M. López-Guerra, D. Martín-García, A. Navarro, P. Nicolás, M. Orozco, Á. R. Payer, M. Pinyol, D. G. Pisano, D. A. Puente, A. C. Queirós, V. Quesada, C. M. Romeo-Casabona, C. Royo, R. Royo, M. Rozman, N. Russiñol, I. Salaverria, K. Stamatopoulos, H. G. Stunnenberg, D. Tamborero, M. J. Terol, A. Valencia, N. López-Bigas, D. Torrents, I. Gut, A. López-Guillermo, C. López-Otín, and E. Campo

2012

• Epigenomic analysis detects widespread gene-body DNA hypomethylation in chronic lymphocytic leukemia.

  Nature genetics

  M. Kulis, S. Heath, M. Bibikova, A. C. Queirós, A. Navarro, G. Clot, A. Martínez-Trillos, G. Castellano, I. Brun-Heath, M. Pinyol, S. Barberán-Soler, P. Papasaikas, P. Jares, S. Beà, D. Rico, S. Ecker, M. Rubio, R. Royo, V. Ho, B. Klotzle, L. Hernández, L. Conde, M. López-Guerra, D. Colomer, N. Villamor, M. Aymerich, M. Rozman, M. Bayés, M. Gut, J L. Gelpí, M. Orozco, J-B. Fan, V. Quesada, X. S. Puente, D. G. Pisano, A. Valencia, A. López-Guillermo, I. Gut, C. López-Otín, E. Campo, and J. I. Martín-Subero
• Evidence for transcript networks composed of chimeric RNAs in human cells.

  PloS one

  S. Djebali, J. Lagarde, P. Kapranov, V. Lacroix, C. Borel, J. M. Mudge, C. Howald, S. Foissac, C. Ucla, J. Chrast, P. Ribeca, D. Martin, R. R. Murray, X. Yang, L. Ghamsari, C. Lin, I. Bell, E. Dumais, J. Drenkow, M. L. Tress, J L. Gelpí, M. Orozco, A. Valencia, N. L. van Berkum, B. R. Lajoie, M. Vidal, J. Stamatoyannopoulos, P. Batut, A. Dobin, J. Harrow, T. Hubbard, J. Dekker, A. Frankish, K. Salehi-Ashtiani, A. Reymond, S. E. Antonarakis, R. Guigó, and T. R. Gingeras
• BLUEPRINT to decode the epigenetic signature written in blood.

  Nature biotechnology

  D. Adams, L. Altucci, S. E. Antonarakis, J. Ballesteros, S. Beck, A. Bird, C. Bock, B. Boehm, E. Campo, A. Caricasole, F. Dahl, E. T. Dermitzakis, T. Enver, M. Esteller, X. Estivill, A. Ferguson-Smith, J. Fitzgibbon, P. Flicek, C. Giehl, T. Graf, F. Grosveld, R. Guigó, I. Gut, K. Helin, J. Jarvius, R. Küppers, H. Lehrach, T. Lengauer, A. Lernmark, D. Leslie, M. Loeffler, E. Macintyre, A. Mai, J H. Martens, S. Minucci, W. H. Ouwehand, P G. Pelicci, H. Pendeville, B. Porse, V. Rakyan, W. Reik, M. Schrappe, D. Schübeler, M. Seifert, R. Siebert, D. Simmons, N. Soranzo, S. Spicuglia, M. Stratton, H. G. Stunnenberg, A. Tanay, D. Torrents, A. Valencia, E. Vellenga, M. Vingron, J. Walter, and S. Willcocks

2011

• Whole-genome sequencing identifies recurrent mutations in chronic lymphocytic leukaemia.

  Nature

  X. S. Puente, M. Pinyol, V. Quesada, L. Conde, G. R. Ordóñez, N. Villamor, G. Escaramis, P. Jares, S. Beà, M. González-Díaz, L. Bassaganyas, T. Baumann, M. Juan, M. López-Guerra, D. Colomer, J. M. C. Tubío, C. López, A. Navarro, C. Tornador, M. Aymerich, M. Rozman, J. M. Hernández, D. A. Puente, J. M. P. Freije, G. Velasco, A. Gutiérrez-Fernández, D. Costa, A. Carrió, S. Guijarro, A. Enjuanes, L. Hernández, J. Yagüe, P. Nicolás, C. M. Romeo-Casabona, H. Himmelbauer, E. Castillo, J. C. Dohm, S. de Sanjosé, M. A. Piris, E. de Alava, J. San Miguel, R. Royo, J L. Gelpí, D. Torrents, M. Orozco, D. G. Pisano, A. Valencia, R. Guigó, M. Bayés, S. Heath, M. Gut, P. Klatt, J. Marshall, K. Raine, L. A. Stebbings, A. P. Futreal, M. R. Stratton, P. J. Campbell, I. Gut, A. López-Guillermo, X. Estivill, E. Montserrat, C. López-Otín, and E. Campo