Alfonso Valencia

2023

• eTRANSAFE: data science to empower translational safety assessment

  Nature Reviews Drug Discovery

  F. Sanz, F. Pognan, T. Steger-Hartmann, C. Díaz, S. Asakura, A. Amberg, N. Bécourt-Lhote, N. Blomberg, N. Bosc, K. Briggs, F. Bringezu, C. Brulle-Wohlhueter, S. Brunak, R. Bueters, G. Callegaro, S. Capella-Gutierrez, E. Centeno, J. Corvi, M. T. D. Cronin, P. Drew, G. Duchateau-Nguyen, G. F. Ecker, S. Escher, E. Felix, M. Ferreiro, M. Frericks, L. I. Furlong, R. Geiger, C. George, M. Grandits, D. Ivanov-Draganov, J. Kilgour-Christie, T. Kiziloren, J. A. Kors, N. Koyama, A. Kreuchwig, A. R. Leach, M-A. Mayer, P. Monecke, W. Muster, C. Miyamoto Nakazawa, G. Nicholson, R. Parry, M. Pastor, J. Piñero, N. Oberhauser, J. Manuel Ramírez-Anguita, A. Rodrigo, A. Smajic, M. Schaefer, S. Schieferdecker, I. Soininen, E. Terricabras, P. Trairatphisan, S. C. Turner, A. Valencia, B. van de Water, J. L. van der Lei, E. M. van Mulligen, E. Vock, and D. Wilkinson
• Molecular bases of comorbidities: present and future perspectives

  Trends in Genetics

  J. Sánchez-Valle, and A. Valencia
• Low input capture Hi-C (liCHi-C) identifies promoter-enhancer interactions at high-resolution

  Nature Communications

  L. Tomas-Daza, L. Rovirosa, P. López-Martí, A. Nieto-Aliseda, F. Serra, A. Planas-Riverola, O. Molina, R. McDonald, C. Ghevaert, E. Cuatrecasas, D. Costa, M. Camós, C. Bueno, P. Menéndez, A. Valencia, and B. M. Javierre
• Predicting the evolution of COVID-19 mortality risk: A recurrent neural network approach

  Computer Methods and Programs in Biomedicine Update

  M. Villegas, A. Gonzalez-Agirre, A. Gutiérrez-Fandiño, J. Armengol-Estapé, C. Pio Carrino, D. Pérez-Fernández, F. Soares, P. Serrano, M. Pedrera, N. García, and A. Valencia

2022

• Parallel model exploration for tumor treatment simulations

  Computational Intelligence

  C. Akasiadis, M. Ponce‐de‐Leon, A. Montagud, E. Michelioudakis, A. Atsidakou, E. Alevizos, A. Artikis, A. Valencia, and G. Paliouras
• Look-alike humans identified by facial recognition algorithms show genetic similarities

  Cell Reports

  R. S. Joshi, M. Rigau, C. A. García-Prieto, M. Castro de Moura, D. Piñeyro, S. Morán, V. Davalos, P. Carrión, M. Ferrando-Bernal, I. Olalde, C. Lalueza-Fox, A. Navarro, C. Fernández-Tena, D. Aspandi, F. M. Sukno, X. Binefa, A. Valencia, and M. Esteller
• ECCB2022: the 21st European Conference on Computational Biology

  Bioinformatics

  S. Capella-Gutierrez, E. Alloza, L. Rubinat-Ripoll, A. Conesa, and A. Valencia
• A structural biology community assessment of AlphaFold2 applications

  Nature Structural & Molecular Biology

  M. Akdel, D. E. V. Pires, E. Porta Pardo, J. Jänes, A. O. Zalevsky, B. Mészáros, P. Bryant, L. L. Good, R. A. Laskowski, G. Pozzati, A. Shenoy, W. Zhu, P. Kundrotas, V. Ruiz Serra, C. H. M. Rodrigues, A. S. Dunham, D. Burke, N. Borkakoti, S. Velankar, A. Frost, J. Basquin, K. Lindorff-Larsen, A. Bateman, A. V. Kajava, A. Valencia, S. Ovchinnikov, J. Durairaj, D. B. Ascher, J. M. Thornton, N. E. Davey, A. Stein, A. Elofsson, T. I. Croll, and P. Beltrao
• 3D chromatin connectivity underlies replication origin efficiency in mouse embryonic stem cells

  Nucleic Acids Research

  K. Jodkowska, V. Pancaldi, M. Rigau, R. Almeida, J. M. Fernández-Justel, O. Graña-Castro, S. Rodríguez-Acebes, M. Rubio-Camarillo, E. Carrillo-d Pau, D. Pisano, F. Al-Shahrour, A. Valencia, M. Gómez, and J. Méndez
• Sex and gender bias in natural language processing

  Elsevier Academic Press

  D. Cirillo, H. Gonen, E. Santus, A. Valencia, M. R. Costa-jussà, and M. Villegas