Publicaciones

Exportar resultados como:

Mostrando 1 - 8 resultados de 8

2019

Blind prediction of homo‐ and hetero‐protein complexes: The CASP13‐CAPRI experiment

Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics

M. F. Lensink, G. Brysbaert, N. Nadzirin, S. Velankar, R. A. G. Chaleil, T. Gerguri, P. A. Bates, E. Laine, A. Carbone, S. Grudinin, et al.

2017

PGBD5 promotes site-specific oncogenic mutations in human tumors

Nature Genetics

A. G. Henssen, R. Koche, J. Zhuang, E. Jiang, C. Reed, A. Eisenberg, E. Still, I. C. MacArthur, E. Rodríguez-Fos, S. González, M. Puiggròs, A. N. Blackford, C. E. Mason, E. de Stanchina, M. Gönen, A-K. Emde, M. Shah, K. Arora, C. Reeves, N. D. Socci, E. Perlman, C. R. Antonescu, C. W. M. Roberts, H. Steen, E. Mullen, S. P. Jackson, D. Torrents, Z. Weng, S. A. Armstrong, and A. Kentsis
IRaPPA: information retrieval based integration of biophysical models for protein assembly selection

Bioinformatics

I. H. Moal, D. Barradas-Bautista, B. Jiménez-García, M. Torchala, A. van der Velde, T. Vreven, Z. Weng, P. A. Bates, and J. Fernández-Recio

2016

Prediction of homoprotein and heteroprotein complexes by protein docking and template-based modeling: A CASP-CAPRI experiment

Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics

M. F. Lensink, S. Velankar, A. Kryshtafovych, S-Y. Huang, D. Schneidman-Duhovny, A. Sali, J. Segura, N. Fernandez-Fuentes, S. Viswanath, R. Elber, et al.

2015

Updates to the Integrated Protein-Protein Interaction Benchmarks: Docking Benchmark Version 5 and Affinity Benchmark Version 2

Journal of Molecular Biology

T. Vreven, I. H. Moal, A. Vangone, B. G. Pierce, P. L. Kastritis, M. Torchala, R. Chaleil, B. Jiménez-García, P. A. Bates, J. Fernandez-Recio, A. M. J. J. Bonvin, and Z. Weng

2014

Blind prediction of interfacial water positions in CAPRI.

Proteins

M. F. Lensink, I. H. Moal, P. A. Bates, P. L. Kastritis, A. S. J. Melquiond, E. Karaca, C. Schmitz, M. van Dijk, A. M. J. J. Bonvin, M. Eisenstein, B. Jiménez-García, S. Grosdidier, A. Solernou, L. Pérez-Cano, C. Pallara, J. Fernández-Recio, J. Xu, P. Muthu, K. Praneeth Kilambi, J. J. Gray, S. Grudinin, G. Derevyanko, J. C. Mitchell, J. Wieting, E. Kanamori, Y. Tsuchiya, Y. Murakami, J. Sarmiento, D. M. Standley, M. Shirota, K. Kinoshita, H. Nakamura, M. Chavent, D. W. Ritchie, H. Park, J. Ko, H. Lee, C. Seok, Y. Shen, D. Kozakov, S. Vajda, P. J. Kundrotas, I. A. Vakser, B. G. Pierce, H. Hwang, T. Vreven, Z. Weng, I. Buch, E. Farkash, H. J. Wolfson, M. Zacharias, S. Qin, H-X. Zhou, S-Y. Huang, X. Zou, J. A. Wojdyla, C. Kleanthous, and S. J. Wodak

2013

Community-wide evaluation of methods for predicting the effect of mutations on protein-protein interactions.

Proteins

R. Moretti, S. J. Fleishman, R. Agius, M. Torchala, P. A. Bates, P. L. Kastritis, J. P. G. L. M. Rodrigues, M. Trellet, A. M. J. J. Bonvin, M. Cui, M. Rooman, D. Gillis, Y. Dehouck, I. Moal, M. Romero-Durana, L. Pérez-Cano, C. Pallara, B. Jimenez, J. Fernández-Recio, S. Flores, M. Pacella, K. Praneeth Kilambi, J. J. Gray, P. Popov, S. Grudinin, J. Esquivel-Rodríguez, D. Kihara, N. Zhao, D. Korkin, X. Zhu, O. N. A. Demerdash, J. C. Mitchell, E. Kanamori, Y. Tsuchiya, H. Nakamura, H. Lee, H. Park, C. Seok, J. Sarmiento, S. Liang, S. Teraguchi, D. M. Standley, H. Shimoyama, G. Terashi, M. Takeda-Shitaka, M. Iwadate, H. Umeyama, D. Beglov, D. R. Hall, D. Kozakov, S. Vajda, B. G. Pierce, H. Hwang, T. Vreven, Z. Weng, Y. Huang, H. Li, X. Yang, X. Ji, S. Liu, Y. Xiao, M. Zacharias, S. Qin, H-X. Zhou, S-Y. Huang, X. Zou, S. Velankar, J. Janin, S. J. Wodak, and D. Baker

2011

Community-wide assessment of protein-interface modeling suggests improvements to design methodology.

Journal of molecular biology

S. J. Fleishman, T. A. Whitehead, E-M. Strauch, J. E. Corn, S. Qin, H-X. Zhou, J. C. Mitchell, O. N. A. Demerdash, M. Takeda-Shitaka, G. Terashi, I. H. Moal, X. Li, P. A. Bates, M. Zacharias, H. Park, J-su. Ko, H. Lee, C. Seok, T. Bourquard, J. Bernauer, A. Poupon, J. Azé, S. Soner, S K. Ovali, P. Ozbek, N B. Tal, T. Haliloglu, H. Hwang, T. Vreven, B. G. Pierce, Z. Weng, L. Pérez-Cano, C. Pons, J. Fernández-Recio, F. Jiang, F. Yang, X. Gong, L. Cao, X. Xu, B. Liu, P. Wang, C. Li, C. Wang, C. H. Robert, M. Guharoy, S. Liu, Y. Huang, L. Li, D. Guo, Y. Chen, Y. Xiao, N. London, Z. Itzhaki, O. Schueler-Furman, Y. Inbar, V. Potapov, M. Cohen, G. Schreiber, Y. Tsuchiya, E. Kanamori, D. M. Standley, H. Nakamura, K. Kinoshita, C. M. Driggers, R. G. Hall, J. L. Morgan, V. L. Hsu, J. Zhan, Y. Yang, Y. Zhou, P. L. Kastritis, A. M. J. J. Bonvin, W. Zhang, C. J. Camacho, K. P. Kilambi, A. Sircar, J. J. Gray, M. Ohue, N. Uchikoga, Y. Matsuzaki, T. Ishida, Y. Akiyama, R. Khashan, S. Bush, D. Fouches, A. Tropsha, J. Esquivel-Rodríguez, D. Kihara, B. P. Stranges, R. Jacak, B. Kuhlman, S-Y. Huang, X. Zou, S. J. Wodak, J. Janin, and D. Baker